南海一号的考古发掘开始了，却遇到了意想不到的困难，水下能见度级低，海面气候多变，海地洋流涌动，这些都非常不利于考古发掘的进行。几年后，一个前所未有的计划横空出世，这就是整体打捞。2007年12月31日，南海一号在700家媒体的见证下被整体打捞出水，进入水晶宫。其后的保护工作正是目前的工作重点，而它的考古价值是无法用经济价值衡量的，他是海上丝绸之路和海外贸易的见证。